En el momento más importante de la celebración tiene una estructura que se ha conservado en su base idéntica desde los siglos III y IV.

En primer lugar bendecimos a Dios por todas las maravillas que hace a favor de los hombres, por su plan de salvación en Cristo; le damos gracias y le aclamamos con el Santo.

Después le pedimos al Espíritu Santo transforme el pan y el vino en el Cuerpo y Sangre de Cristo, y así, al enunciar el relato de la Última Cena, el recuerdo de Cristo se hace presencia viva y real.

Esta presencia de Cristo su sacrificio la elevamos al Padre como una ofrenda que le sea agradable para nuestro bien.

De nuevo pedimos al Padre el Espíritu Santo, pero ahora sobre nosotros, para que seamos transformados por Él.

Por último, en nuestra Plegaria nos unimos a toda la Iglesia (peregrina, purgante y celeste), y terminamos con la doxología o acto solemne de presentación y ofrecimiento de Cristo al Padre.

La primera parte de la Plegaria se conoce como prefacio, inicia con el diálogo: El Señor esté con ustedes… Levantemos el corazón… Es justo y necesario… después el sacerdote expone los motivos concretos por los que damos gracias a Dios. Todo el prefacio, desde el diálogo inicial hasta el Santo (incluido), puede hacerse cantado.

Veamos el testimonio de san Cirilo de Jerusalén en el siglo IV:
El sacerdote exclama «arriba los corazones». En verdad, en aquel momento es preciso tener el corazón elevado hacia Dios y no inclinado hacia la tierra y a los asuntos terrenales. Con razón, pues, ordena en aquel momento que dejes de lado las preocupaciones de la vida y las atenciones domésticas y tengas tu corazón en el cielo, en Dios misericordioso.

Después respondéis: «Los tenemos hacia el Señor», asintiendo a lo que se os ordena por medio de lo que confesáis. Que nadie, pues, se comporte de tal manera que, diciendo con los labios «los tenemos hacia el Señor», tenga su pensamiento puesto en las preocupaciones de la vida. Siempre debemos acordarnos de Dios, pero, si esto no es posible a causa de la debilidad humana al menos en estos momentos debemos esforzarnos para que así sea.

Después, el sacerdote dice: «Demos gracias al Señor». En verdad debemos darle gracias, ya que, siendo indignos, nos ha llamado a una gracia tan singular: de enemigos que éramos nos ha reconciliado, porque nos consideró dignos del Espíritu de adopción. Después decís: «Es justo y digno». Porque al dar gracias hacemos verdaderamente una obra digna y justa; Él, en cambio, nos ha beneficiado y nos ha hechos dignos de bienes tan grandes, no con justicia, sino actuando más allá de toda justicia. (San Cirilo de Jerusalén, 5ª Catequesis mistagógica).